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要删除百度网盘中的短信，你可以按照以下步骤操作。
1、登录你的百度网盘账户。
2、在文件列表中，找到存放短信的文件夹，通常可能命名为“短信”、“手机备份”或类似的名称。
3、打开该文件夹，查看短信内容。
4、选择你想要删除的短信或整个文件夹。
5、点击删除或垃圾桶图标进行删除。
6、在弹出的确认提示中，确认是否删除所选内容。
7、删除后，这些短信将被移至回收站或垃圾箱，你可以在相应位置进行彻底删除或恢复操作。
这些操作可能因百度网盘版本或手机操作系统不同而有所差异，如果在操作过程中遇到任何问题，建议查看百度网盘的官方帮助文档或联系百度网盘客服支持获取更多帮助。
如果你提及的“短信未清除”是指手机中的短信备份到百度网盘后未清理手机中的原始短信，那么你需要额外在手机端的短信应用中删除相应的短信，百度网盘上的备份并不会自动删除手机中的原始短信，需要手动操作。